Charlotte Seithers Werkverzeichnis umfasst mehr als 120 Werke für Musiktheater, Orchester, Chor und Kammermusik. 

Als erste Deutsche erhielt sie den 1. Preis im Internationalen Kompositionswettbewerb „Prager Frühling“ (1995). 2009 erhielt sie den Rom-Preis für die Deutsche Akademie Villa Massimo. Weitere Residenzen führen sie in die Cité des Arts Paris und in die Villa Aurora Los Angeles. 

Sie ist Mitglied im GEMA-Aufsichtsrat, im Vorstand des Deutschen Komponistenverbands und im Präsidium des Deutschen Musikrats. 2002 erhielt sie den Förderpreis der Ernst von Siemens Musikstiftung und ist Stipendiatin der Studienstiftung des deutschen Volkes. Für ihr Musikschaffen wurde sie 2010 mit dem Praetorius Musikpreis geehrt und war 2014 Preisträgerin des Deutschen Musikautorenpreises der GEMA. Von Kulturstaatsministerin Grütters wurde Charlotte Seither 2020 mit dem Bundesverdienstkreuz am Bande ausgezeichnet. 2021 wurde sie in die European Academy of Sciences and Arts in Salzburg (EASA) berufen.